Ponte San Pietro sorge sulle rive del fiume Brembo, che divide il paese in due zone ben distinte. Distante circa 7 chilometri a ovest dal capoluogo orobico, viene considerato il primo paese provenendo da Bergamo dell'area chiamata Isola, zona geografica comprendente 21 comuni e delimitata dalle acque dei due principali fiumi, Adda e Brembo, e dalla netta divisione delle valli e montagne orobiche antistanti. Il comune confina a nord con Brembate di Sopra e Valbrembo, a sud con Presezzo e Bonate Sopra, a ovest con Mapello e di nuovo Presezzo e a est con Curno e Mozzo.